امام صادق (ع) مبتکروموسس بزرگترین دانشگاه اسلامی می باشند که با این طرح گنجینه ای عظیم از ذخائر علمی گرانبها فراهم نموده و آینده اسلام را تضمین کردند. امام با کوشش علمی و فکری مستمر و هوشمندانه خویش مبانی دینی و اندیشه های ناب اسلام را تعمیق بخشیده، مفاهیم عقیدتی و احکام شریعت را منتشر ساخته و شبکه عظیم و تآثیر گذار تبلیغات دینی را پایه گذاری نمودند .
روش امام تنها تدریس یک طرفه نبود ، ایشان با سعه صدر بی نظیری کرسی های درس را اداره می کرد . پس از هر درس مخالفین و منتقدین را فرا خوانده وا شکالات انان را کاملا شنیده و سپس پاسخ می داد . گاهی اتفاق می افتاد که مناظره و گفتگو با مخالفین و منتقدین آنقدر طول می کشید که حضرت برای خوردن غذا هم به منزل نمی رفتند و فردی را مامور می کردند که غذای ساده ای از منزل امام بیاورد تا امام همانجا آن را تناول کنند . غذایی که معمولا جز نان خالی چیزی نبود .

دردانشگاه امام صادق (ع) فقط دروس فقه و اصول تدریس نمی شد بلکه فنون مختلف،اندیشه های متفاوت و رشته های گوناگون دانش آن روز به بحث و مناظره گفتگو گذاشته می شد . فارغ التحصیلان این دانشگاه علمی بیش از چهارهزار نفر براورد شده اند که از جمله آنها می توان به – مفضل بن عمرو – در رشته فلسفه و علم کلام ؛ جابر بن حیان در رشته ریاضیات و شیمی و... اشاره کرد .

امام صادق (ع ) در کرسی تدریس رشته پزشکی تآثیر فوق العاده ای در این علم بجا گذاشت تا آنجا که می توان مدعی شد ایده های آن امام همام در این رشته از جمله منابع موثق و کاملا علمی در رشته طب به شمار می رود .  

  نفد عناصر اربعه و دیدگاه ارسطو ، کشف و تجزیه هوا آن هم 1100سال قبل از اروپا ، کشف گردش زمین به اطراف خود دربیش از دوازده قرن  پیش ، کالبد شکافی علمی بدن انسان و تجزیه و تشریح عناصر موجود در آن از جمله نظریه های علمی امام صادق (ع ) بود که در این دانشگاه تدریس می شد .

پی بردن به وجود اکسیژن در هوا و تجزیه علمی آن ، توجه جدی به مقوله آلودگی های محیط زیست ، توصیه های عالمانه پزشکی ، بخصوص انتقال بیماری بوسیله نور به درستی نبوغ علمی پیشوای ششم شیعیان را میرساند .

هنوز یازده سال از عمر شریف ایشان نگذشته بود که جغرافیای بطلمیوس را نقد کرده و پس از 560 سال از مرگ بطلمیوس برای اولین بار نظریه اودر مورد حرکات خورشید و نجوم را به چالش کشاند و ایده جدیدی را ارائه کرد که امروز زیر بنای علم نجوم است .

یکی دیگر از بدایع علمی امام (ع) ارائه تئوری جالب نور است . تئوری که قرن ها بعد در دانشگاه های اروپا به تدریس گذاشته شد و منجر به اختراع اولین دوربین توسط فلاماندی شد و سرانجام گالیله دویست سال بعد با الهام از این دوربین ، دوربین فلکی را اختراع نمود و به رصد اجرام دنیای خورشیدی پرداخت و با مشاهدات خود نظریه کوپرنیک و کپلر را مبنی بر گردش اجرام خورشیدی از جمله زمین به گرد خورشید را تایید نماید .  بی شک اختراع هردو دوربین و مراحل بعدی آن  برگرفته از تئوری است که امام صادق (ع) صد ها سال قبل مطرح کرده بود .
نظریه های دیگری هم از امام جعفر صادق (ع) وجود دارد که هریک در جای خود قابل تامل است از جمله : موضوع سرعت نور ، ماده و ضد ماده ، کدر و شفاف بودن اجسام و بازخورد های آن در علم فیزیک و....